在一边，大军不应为一城一地所碍，应该直取京师。
朱棣心领神会，率军绕过徐州直下宿县，宿县城小望风而降。
朱棣料定徐州守军可能出兵追击，派都指挥金铭率领一部埋伏道中，等徐州守军六千余人出城之后，在秦沟埋伏，只等南军渡河，半渡而击，徐州守军大崩。
至此朱棣正月十五出兵，一路南下纵横千里，为时两个月，连下东昌、东平等七八座城池。 燕军转战千里之后也非常疲惫，随留在宿县休整了十日。
接到京师急报的徐辉祖被迫无奈，除留少数人马守城之外，亲率四万人马出城南下追击燕军主力。 朱能见徐辉祖出城。
也不管他，连夜督促大军攻城，两日后济南终于被拿下。
燕军在宿县等待十天，齐泰终于率领他的人马赶到，进驻灵壁，隔着汴河与燕军对峙。
另一方面徐辉祖地兵马也昼夜兼程赶到徐州，两军一前一后夹着燕军，但谁都不敢贸然出击。
接到朝廷调令。 朱植终于笑了，这正是他要等的东西。 立刻命令小马王，率领复州卫、三万卫、剌鲁卫赶往冀东，汇合第二军火速出兵，大张旗鼓进攻北平。
三月初一小马王的大军已经杀过香河，这里的情形与山东相似，只是换了一方，辽东军势如破竹。 燕军反而一泻千里。
燕军张信协助世子朱高炽守卫北平，一方面派信使通知尚在济南地朱能，一方面整顿兵马据城死守。
三月二十，燕军休整完毕，出宿县准备渡过汴河。 朱棣命都督陈文督促辅兵在河上架桥，然后先派一个千户过河守卫桥头，掩护大军辎重过河。
列阵南岸的南军大将何福见燕军辎重半渡，率领所部骑兵掩杀浮桥桥头。 燕军守备猝不及防。 被南军击溃，何福斩陈文于桥头。
燕王见此，率燕山左卫骑兵涉渡汴河企图营救，刚刚上岸，朱棣坐骑却被南军射死，幸亏指挥王旗搭救，燕王换马挺刀亲自冲锋，才将何福的骑兵击溃。 此时河南岸燕军不多。
齐泰见机会难得，亲自擂鼓助威，许下杀燕王者赏黄金千两封万户侯。 南军鼓起勇气蜂拥而至，将守卫桥头的燕王围在当中。
燕王且战且退，率部撤回北岸，何福率军一马当先在后追赶，幸亏燕将韩贵率领一军斜次里杀出才将燕王接下。 双方在汴河两岸厮杀一日，重新回到出发位置。 燕军据北岸。
南军守南岸。
汴河一战是燕军南下首次遭遇挫折。 燕王一方面派兵在正面疑惑南军，另一方面率领主力从河下游连夜涉渡。
于第二天早上出现在齐泰军营后侧，于黎明时分率军突击南军营寨。 正当南军坚守不出，负隅顽抗地时候。 徐辉祖率领济南来地援军抵达战场，燕军一下陷入腹背受敌的境地。
燕王只得收拢战场上地燕军撤出战场移驻齐眉山。
四月初一，徐辉祖和齐泰合兵一处，号称二十万，循齐眉山而来，双方在齐眉山下激战终日，虽然燕军取得小范围地突破，但在徐辉祖的死战之下，南军幸得没有崩溃。
南军兵多但训练一般，北军兵少且转战千里相当疲惫，双方在山南山北再度形成对峙。
四月的南方，阴雨绵绵，燕军大多是北方人，也不适应。 众将见部队疲惫不堪，齐泰、徐辉祖又紧追不舍，都有些气馁，请朱棣北撤一点，寻找其他水草丰美的平原就食。
关键时刻，朱棣拍案而起扔下一句“两军相对勇者胜！事已至此，我军只有有进无退才能杀出一条血路，直进京城。 ”
正在双方对峙之时，黄子澄竟然认为燕军师老疲惫，必将北撤，同时京师无大将，建文帝遂将徐辉祖调回京城。
杨靖仰天长叹，天要亡建文，他知道，黄子澄向建文晋言，徐辉祖统兵讨逆半年，却无法阻止燕军南下，要提防他与燕王沟通。 就这样一些捕风捉影的传闻，让建文下了旨意。
如果说徐辉祖是京师门上最后一道门闩，就这样被黄子澄轻轻拔走。
五月初五，粮饷不济的南军只得离开齐眉山前往灵璧就食，朱棣敏锐地察觉到南军的困顿，立刻派出李斌率偏师截得南军粮草五万石。
齐泰率领近十万大军困守灵璧，朱棣反而率军围攻。 齐泰又在城中坚持了五日，粮草逐渐告罄。 迫于无奈命部下三日后听号炮出南城突围。
也许真是天该绝建文，第二日燕军又来攻城，鸣号炮三响，城内南军以为突围信号提前，纷纷打开城门往外冲。 城外的想进来，城里地想出去，双方城门处挤成一团。
南军本来就是逃跑谁知道被人堵在门口不能动弹，军心士气顿时崩溃。 何福率军从北门冲出想冲击燕军营寨，被枪炮轰死；齐泰在亲兵掩护下从东门跑出，落荒而逃。
可怜建文皇帝指望的最后阻挡燕军的力量在灵璧一扫而空。
灵璧大战结束，朱棣面前再也没有阻止他的力量了，五月十二燕军避开中都凤阳，进军泗州，由此渡过淮河，陷于台。
五月二十六陷高邮州，应天的门户扬州完全暴露在燕军面前。 经过将近两年鏖战，以靖难起事地燕军终于饮马长江。